Кілька місяців після висвячення о. Франциск був призначений у Пітсбург, Пенсільванія, на парохію св. Філомени, де він служив 9 років, співпрацюючи спочатку як вікарій св. Івана Ноймана, настоятеля спільноти. Три наступні роки він був настоятелем, а згодом його призначили магістром новиків-редемптористів.

Крім обов'язків парохіяльного вікарія, Зельос також голосив місії разом із о. Нойманом. Щодо відносин між ними двома, Франциск-Ксавер мав нагоду ствердити: "Він мене ввів у активне життя" і "мене навчив бути духовним опікуном і сповідником".

Диспозиційність і природна люб'язність, розуміння потреб вірних, одразу зробили його відомим досвідченим сповідником і духовним опікуном, так що люди приходили до нього навіть з інших парохій.

Як і у Балтиморі так і в Пітсбурзі Зельос старався, щоб сповідь не була більше мукою для каянників, але ставала для них плідним пережиттям зустрічі з терпеливим і милосердним Христом. Його сповідальниця була відкрита для всіх: "Я слухаю сповіді по-німецьки, по-англійськи, по-французьки, від білих і від чорних".

Вірні його описували як місіонаря, який мав завжди усмішку на устах і щедре серце, а особливо для потребуючих і покинутих.

Не дивно, що власне у Пітсбурзі, після його смерті люди почали приписувати отримані ласки його заступництву.

Вірний харизмі редемптористів, він завжди висловлювався простим стилем життя і мови. Об'єкти його проповідей були багаті біблійним змістом, їх слухали і зрозуміли всі, навіть неграмотні.

Постійною характеристикою його апостоляту була катехизація дітей. Це була активність, якій він не лише віддавав перевагу, але яку він вважав фундаментальною для християнського зросту в парохіяльній спільноті.

У 1854 р. Б., він був переведений з Пітсбурга у Балтимор, потім у Кумберлянд (1857 р. Б) і у Аннаполіс (1862 р. Б), де він був завжди задіяний до праці в парохіях.

У Кумберлянді і у Аннаполісі він виконував також обов'язки форматора – префект студентів-редемптористів. У цій самій ролі він проявив себе люб'язним і радісним пастирем, який завжди готовий допомогти молодим, і ревний щодо їх доктринальної формації. Особливо він старався прищепити майбутнім місіонерам-редемптористам інтузіазм, апостольську жертву для вічного і дочасного життя народу та дух самопожертви.

У 1860 р. Б. єпископ Михайло О'Коннор із Пітсбурга, залишаючи єпархію, рекомендував отця Зельоса – як священика найбільш придатного для свого наступництва. Франциск Ксавер написав до папи Пія-IX, висловлюючи йому свою нездатність до прийняття такої відповідальності і просив його звільнити від такої долі. Він був дуже радий коли був номінований єпископом Пітсбурга інший священик.

Після вибуху громадянської війни у 1863 р. Б . були прийняті нові закони щодо військової служби, які зобов'язували усіх чоловіків до неї. О. Зельос, як настоятель семінарії редемптористів, поїхав у Вашингтон, щоб зустрітись із президентом Абрамом Лінкольном і попросити його, як виняток, звільнити від військової служби студентів Чину. Лінкольн показав себе винятково гостинним і пообіцяв зробити все від нього залежне. Справді, студенти були звільнені від відправлення на фронт.

Звільнений від обов'язків префекта студентів з причини кількох "ревних" співбратів, згідно яких - він не був достатньо суворим щодо молоді, о. Зельос посвятився місіонерській праці, проповідуючи по-німецьки і англійськи у Коннектикут, Ілльлінойс, Мічиган, Міссурі, Нью Джерсі, Нью Йорк, Огайо, Пенсільванія Род Айленд і Вісконсин. Такі його місії по різних місцях тривали з 1863 до 1866 р. Б.

Після короткого періоду парохіяльної активності у Детройті (в Мічігані), він був призначений у 1866 р. Б. до спільноти в Нью Орлеан, (Луїзіана). Також тут, як парох церкви Успіння Пресвятої Богородиці, о. Зельос був відомий як веселий пастир, завжди готовий допомогти, який особливо опікується бідними і залишеними. Також і тут ласки, отримані від Бога, люди приписували своєму пароху.

Але у планах Божих, його місія у Новому Орлеані повинна була бути короткою. У місяці вересні, виснажений візитами до хворих на малярію він і сам заразився. Після кількох тижнів терпеливого і радісного знесення хвороби о. Франциск помер 4 жовтня 1867 р. Б. у віці 48 років і дев'ять місяців.

На його похорон народ, який заповнив церкву Успіння Пресвятої Богородиці, де зберігаються до сьогодні його тлінні останки, визнаючи святість отця Зеельоса, торкався до гробу будь-якою річчю, щоб потім зберегти її як пам'ять про отця.